生物狗应该都知道、用过blast的吧，出于代码维护等原因，NCBI在原有核心算法基础上重写了blast，使用分别的blastp, blastn, blastx, tblastn, tblastx代替了原来的blastall，软件包名称也变成blast+（与之前老版本blast区分），以下文中blast都指新版blast+。
blast
ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/下载系统对应版本，linux用户可直接下载编译好的版本，解包急用，简单粗暴，windows用户下载ncbi-blast+，和正常windows软件一样安装(建议安装非系统盘，存放数据库文件，占用系统盘空间)，最后添加环境变量就好。
###blast 输出格式
blast支持txt、xml、ASN.1等多种输出格式，具体可通过参数-outfmt int参数进行设置（int取值0-11 ），其中以xml（-outfmt 5 ）和txt（-outfmt 6 ）使用较多。
xml输出信息全面，可能不便于查看，txt格式便于查看，而仅显示有限的匹配信息，但是blast支持自定义输出信息，可通过-outfmt "6 qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore"实现，具体输出信息参考blastp -help信息。
###blast task 参数设置
一直很好奇为啥网页版 blast 中的 blastn 有megablast, discontiguous megablast, blastn三种选项，而在单机版中找不到对应可执行程序，看NCBI介绍也有说 megablast 对比速度上更快一些，一直想要自己动手试试，找不到执行程序。某天瞎逛各种论坛的时候，偶然发现了还有-task这么一个参数选择不同的比对模式，就先记录了解下，准备后续测试。
- blastp，
-task参数有blastp,blastp-short和deltablast三种选择 - blastn，
-task参数可选blastn,blastn-short,dc-megablast,megablast,rmblastn，这里blastn软件默认就采用megablast进行同源搜索 - blastx，
-task参数可选blastx,blastx-fast，测试结果可以参看 genedock 博客，https://www.genedock.com/blog/2017/02/22/20170222_blastx-survey/
###其他比对工具
- Diamond, 类blast程序吧，运行时间、速度上甩blast+ n条街，空间换时间的策略吧，占用内存、CPU也是够够的了，不过最新版本加入了
-b参数限制内存、虚拟磁盘空间的占用，同时新增--sensitive和--more-sensitive参数比对结果的灵敏性 - Blat, UCSC出品，没仔细研究，某些时候比 blast 好用