使用 ggplot 绘制扩增子 rank abundance 曲线

ggplot2实现微生物rank abundance绘图，另发现了reshape2能方便的进行dataframe格式整理，长表格，宽表格相互转换

具体代码实现如下：

library(ggplot2)
library(reshape2)

# otu_table    抽平后的otu table，第一列为OTU编号，最后一列为tax注释
otu_table <- read.table(otu_table, sep="\t", header=TRUE)
otu_table <- otu_table[,2:(length(otu_table)-1)]
for(i in 1:length(otu_table)){    # 计算等级相对丰度
  sample <- otu_table[,i]
  otu_table[,i]<- rev(sort(sample/sum(sample)))
}
rank_abundance <- otu_table
rank_abundance$rank <- 1:dim(rank_abundance)[1]    # 添加等级

# 宽表格整理成长表格
dat <- melt(rank_abundance, id.vars = c('rank'), variable.name='sample')
# 整合样品分组信息
group <- read.table(group, sep='\t', col.names=c('sample', 'group'))
dat <- merge(dat, group, by=c('sample'), all=TRUE)
# 移除0值
dat <- dat[dat$value>0,]

g <- ggplot(dat, aes(rank, log10(dat$value), group=sample)) + 
  geom_step(aes(color=group)) + #ylim(-4,0) + xlim(0,2000) + 
  labs(x="Species Rank", y="Relative Abundance") + 
  # 设置y轴指示刻度，针对不同数据，可能需要调整
  scale_y_continuous(breaks=c(-4,-3,-2,-1), labels=c('1e-4','1e-3','1e-2','1e-1')) + 
  # 调整y轴指示刻度显示方法
  theme(axis.text.y = element_text(angle=90, hjust=0.5, vjust=1)) + 

ggsave("rank_abundance.pdf")

结果展示：