shell 命令使用笔记

&&，cmd1 && cmd2

如果cmd1成功执行（返回0，注意设置中脚本执行返回值），那么执行cmd2

||，cmd1 || cmd2

如果cmd1执行失败，那么执行cmd2

(), {}组合逻辑控制

()组合来控制命令； {}组合控制子shell

条件判断

if [ condition ]; then
# if test condition; then
    echo 'yes'
fi

#使用[]判断条件时，[]和condition之间必须用空格分隔开
# -d        判断是不是文件夹
# -f        判断是不是文件
# -L        判断是不是链接
# -s        判断文件是否存在且非空
# -r        判断文件是否可读
# -w        判断文件是否可写
# -x        判断文件是否可执行
# -z        判断是否空字符串
# -n        判断是否非空字符串
# =         判断字符串是否相等
# !=        判断字符串是否不等
# -eq       判断数值是否相等
# -ne       判断数值是否不等
# -gt       第一个数大于第二个数
# -ge       第一个数大于等于第二个数
# -lt       第一个数小于第二个数
# -le       第一个数小于等于第二个数
# -a        逻辑与
# -o        逻辑或
# !         逻辑否

退出状态

exit n，其中n表示数字，0表示脚本执行成功无错误，1表示执行失败某处有错误

可以使用 $? 获得最后执行命令推出状态

shell 脚本模版

#!/usr/bin/env bash    # 指定 shell 执行程序
#!/bin/bash    # option B

set -x    # 打印出正在执行的 cmd
set -e    # shell 中任一 cmd 执行推出状态不为 0 时，直接退出整个 shell 任务

set -e 针对多 cmd ，且存在依赖关系的 shell 运行非常有用

shell脚本
- [ ] $# 获取脚本输出参数长度
- [ ] $@ 获取脚本所有参数

循环

for i in `ls `
    do
        echo 'yes'
    done

序列生成

1
2
3

seq 3    # 1 2 3
seq 3 5    # 3 4 5
seq 5 2 10    # 5 7 9

随机数生成

echo $RANDOM
# RANDOM是bash的一个内建函数，会返回一个[0, 32676]内的整数

# 生成一定范围内的随机数
beg=5
end=15
echo $((RANDOM % ($end - $beg) + $beg))

shell 数学计算

1
2
3

echo $((9-4))    # 5
echo $((9/4))    # 2
echo $((9/-4))    # -2

多列参数对文件进行排序

1	sort -k1,1 -k2,2n sort_demo.txt # 一定是 -k1,1 形式

解包

head -n 5 hg19-tRNAs_map.txt
# chr1.trna1	tRNA-Val-CAC-13-1
# chr1.trna10	tRNA-Asn-GTT-16-1
# chr1.trna100	tRNA-Asn-GTT-6-1

cat hg19-tRNAs_name_map.txt | while read pos name; do echo "Position: $pos    Name: $name"; done | head -n 5
# Position: chr1.trna1    Name: tRNA-Val-CAC-13-1
# Position: chr1.trna10    Name: tRNA-Asn-GTT-16-1
# Position: chr1.trna100    Name: tRNA-Asn-GTT-6-1