家族基因分析的一般套路

7/2016

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1. 分析前准备

   分析前准备主要是两点，找文章，找序列。

   • 找文章，该家族基因是否在研究物种或其他物种中报告，都进行了什么分析和试验；
   • 找序列，获取该家族代表性序列进行后续分析

2. 家族基因成员鉴定

   主要 blast 和 hmmer 两种方式，一般讲来使用两个方式的并集，然后根据基因特征再一步确认过滤

   • blast
   • hmmer

3. 家族基因特征描述

   • 染色体分布
   • 基因结构
   • motif分析
   • 启动子序列分析

4. 多物种进化关系分析

   • 构建分子进化树
   • Ka/Ks计算等等

5. 基因分类命名

   一般根据进化关系、或者分析特征进行分类，然后染色体顺序命名

6. 基因表达分析

   • 多组织材料表达分析
   • 不同处理样品表达分析
   • 共表达分析

7. 候选基因表达、功能验证

graph LR
A[FamilyGene.seq] -- blast --> B[FamilyGene.list]
A[FamilyGene.hmm] -- hmmer --> B[FamilyGene.list]
B[FamilyGene.list] --> C[FeatureAnalysis]
C[FeatureAnalysis] --> Ca[染色体分布]
C[FeatureAnalysis] --> Cb[基因结构]
C[FeatureAnalysis] --> Cc[motif分析]
C[FeatureAnalysis] --> Cd[promotor seq analysis]
B[FamilyGene.list] --> D[phylogenetics]
B[FamilyGene.list] --> E[Group,Name]
B[FamilyGene.list] --> F[Expression]
F[Expression] --> G[表达, 功能验证]